تحقق الخطة البحثية رسالة جامعة بنها بتقديم مجتمع من العلماء معترفا به دوليا و ملتزما بالاكتشاف ونقل المعرفة و خدمة المجتمع من خلال القيادة فى مجال البحث و الابتكار، ومرتبطة بالخطة الإستراتيجية للدولة وملتزمة بالقيم والمبادئ المعمول بها فى المؤسسات الأكاديمية و المجتمع.هذا و يتمثل الهدف الأساسى للخطة البحثية لجامعة بنها فى دعم جهود التنمية الاقتصادية و الإجتماعية و حل المشكلات القومية و قد تم إعداد الخطة طبقا لتوجهات الدولة فى هذا المجال مع إعطاء أولوية للمحاور التالية : -
(1) مجالات الطاقة الجديدة و المتجددة.
(2) مصادر المياه و إدارتها و تحليتها.
(3) العلوم الطبية فى أمراض الكبد و الكلى و الأورام.
(4) علوم التكنولوجيا الحيوية و التكنولوجيا النانونية.
(5) علوم الزراعة و المصادر الغذائية.
(6) تكنولوجيا المعلومات و الإتصالات و لإستشعار عن بعد.